北海道斜里町で2006年3月下旬，住基ネットに関する情報が「ウィニー」を介してネット上に流出する事件がありました．流出したのは住基ネットの操作マニュアルや接続パスワードなどで，町職員がこれらの重要情報を自宅に持ち帰って作業した際に，ウイルスに感染したためとみられています．この職員は半年ほど前から自宅のパソコンで「ウィニー」を使っていました．
パスワード流出

また，住基ネット関連の他にも，過去の水道料の未納者リストや，税の滞納者などの収納状況を確認した文書，自治会名簿などの個人情報が流出しました．

町幹部は当初，マスコミの取材に対し「住基ネットのパスワードが出たことがそれほど重要なこととは思わなかった」などと答え，情報管理に関する認識の足りなさは明白でした．この事件をきっかけに同町では職員が情報を持ち出すことを禁止し，「ウィニー」の使用も禁止しました．